En marzo de 2006 hubo relevo en la comandancia del Ejército de Colombia y el general Reinaldo Castellanos entregó el mando al general Mario Montoya Uribe. Tres meses después, desde la embajada de Estados Unidos fue enviado un cable para comentar este relevo. Pero aunque se destacó el alto perfil militar y la experiencia del nuevo comandante y su cercanía con el entonces presidente Álvaro Uribe, también quedaron escritas las prevenciones frente al oficial por sus presuntos vínculos con grupos de autodefensa.

Aunque el cable es claro en advertir que no tiene evidencias de que las acusaciones contra el generalMario Montoya sean ciertas, sí refirió que su antecesor, el general Reinaldo Castellanos, a través de los servicios de inteligencia, alcanzó a investigarlo por aparentes vínculos con el paramilitarismo y casos de corrupción. El informe diplomático destacó que quizás estas investigaciones obedecían a  razones políticas.

La parte final del cable indicó, con base en  información de defensa, que las dudas contra Montoya se originaban no sólo en posibles vínculos con las autodefensas, sino de asociación con policías corruptos que se prestaban para incautar droga, a fin de que el general Montoya se llevara el crédito en la lucha antinarcóticos,  protegiera las actividades de los paramilitares y les proveiera armas. El cable  advierte también de los alegatos en su contra por posibles excesos contra la población civil durante acciones militares contra la guerrilla en Medellín.

Dos años después, en noviembre de 2008, en medio del escándalo de los falsos positivos que obligó al entonces presidente Uribe a retirar del Ejército un gran número de oficiales, el general Montoya pasó a retiro. Lo reemplazó el general Óscar González. Este súbito cambio en la comandancia de las Fuerzas Militares motivó un cable diplomático de la Embajada de Estados Unidos, donde una vez más se registraron los señalamientos contra el saliente oficial por violaciones a los Derechos Humanos.

Al nuevo comandante, el general Óscar González, el cable lo presentó como un protegido del general Montoya, e incluso quedó manifiesto que fue él quien convenció al presidente Uribe de que fuera su reemplazo. El informe diplomático expresó que el entonces ministro de Defensa, Juan Manuel Santos —hoy presidente de la República—, dio pie atrás en el nombramiento, pero finalmente  el jefe de Estado decidió seguir adelante con el nombramiento del general Óscar González.

No obstante, el reporte diplomático agregó que Santos se encontró después con el general González y que éste le manifestó que era un oficial limpio en todos sus frentes. Posteriormente los entonces viceministros Juan Carlos Pinzón —hoy secretario general de la Presidencia de la República— y Sergio Jaramillo —actual consejero presidencial— ratificaron por separado que el nuevo comandante del Ejército era un protegido del general Montoya y  podría convertirse en un obstáculo para la implementación de políticas de Derechos Humanos.

Los viceministros Pinzón y Jaramillo dejaron constancia de que le habían comentado al ministro Santos sobre el tema, y en el cable diplomático quedó escrito que una voz confidencial manifestó que el tema del general Óscar González había que manejarlo. Líneas atrás quedó reseñado por qué existían prevenciones hacia el general Montoya y las acusaciones de las organizaciones de Derechos Humanos en su contra por presuntos abusos en las operaciones militares en la ciudad de Medellín.